Mini gastrik bypass ameliyatı klasik Roux-en-Y gastrik bypass ameliyatından daha farklıdır. Laparoskopik olarak yani kapalı yöntemle yapılan bu ameliyatta yaklaşık gastrik bypass ameliyatına  benzer mide poşu oluşturulur. Ancak oluşturulan mide poşu klasik bypass ameliyatından daha uzundur bir anlamda tüp mide gizi muz veya sosise benzer. Daha sonra ince bağırsakla bu alan anastomoz edilecektir. Klasik gastrik bypass ameliyatından ince barsak kesilip bir uç mideye bir uç ise ince bağırsaklar arasında anastomoz (ağızlaştırma) mini gastrik bypass da farklı olarak ince bağırsak kesiknez ve çenta sapı gibi tutulup mideye tek delikten ağızlaştırma yapılır. Yani klasik RY gastrik bypass ameliyatında 2 tane ağızlaştırma yapılırken mini gastrik bypass ameliyatında sadece bir ağızlaştırma yapılır.

Mini gastrik baypas’ın metabolik etkileri RY gastrik bypassa göre daha belirgindir. Çünkü ince bağırsakların 200-300. cm’den mideyle ağızlaştırılır. Bu nedenle alınan yağ ve kalorinin bir kısmının emilmeden atılması sağlanmış olur. Mini gastrik bypass ameliyatının bir başka avantajı mini gastrik bypass’ın geri dönüşümü daha kolaydır.